Ядро заповедника формирует массив горы Опук. Её платообразная вершина, сложенная органогенными известняками, возвышается на 185 м. над уровнем моря и является одной из самых высоких возвышенностей Керченского полуострова. С запада к склонам Опука примыкает соленое Кояшское (Элькенское) озеро, отделенное от моря песчаной пересыпью шириной до 100 м. Опукский природный заповедник закрыт для посещения. Тут есть места, куда вход ограничен даже для его сотрудников. Это гнездовья птиц, колонии летучих мышей. Для посещения экскурсантами разработан специальный маршрут — экологическая тропа. Строгое ограничение введено для того, чтобы не беспокоить птиц, не вытаптывать растительность. Опукский природный заповедник — один из немногих крымских заповедников, который охраняет не только сушу, но и море.
